O PSBC foi estruturado a partir de duas vertentes paralelas e integradas. A primeira alinhada com as premissas da rota tecnológica do projeto, envolvendo os requisitos para quantificar as reduções de GEEs no sistema de produção e soja, entre outras questões. A outra rota procurou capturar a visão do mercado e as oportunidades de agregação de valor para o produtor. 

Por isso, foram construídas parcerias público-privada com diferentes elos da cadeia produtiva da soja, como cooperativas, traders de grãos, genética, indústrias químicas e de bioinsumos. Neste sentido, o Programa Soja Baixo Carbono adotou um modelo que conta com parcerias de sete empresas apoiadoras: Bayer, Bunge, Cargill, Coamo, Cocamar, GDM e UPL.

Além de financiarem a execução das ações necessárias para a construção e divulgação da marca, os parceiros estão contribuindo com a visão do mercado e as oportunidades de agregação de valor para o produtor.

O Programa realizou uma série de oficinas técnicas com o envolvimento de, aproximadamente, 70 cientistas, pertencentes a 15 centros de pesquisa Embrapa. Nestes workshops foram levantados os temas relevantes e os desafios técnicos para a construção das diretrizes técnicas do programa. Também foram realizadas oficinas com as empresas-apoiadoras, visando identificar questões relevantes de mercado e de oportunidades para produtos soja baixo carbono. 

Com base nessas informações mapeadas, o programa, em 2023, definiu as diretrizes técnicas e, na safra 2023/24 terá início o processo de validação a campo do protocolo.  As diretrizes trazem “o que medir e avaliar”, ou seja, o que as áreas candidatas precisam adotar para obter o selo SBC.